条例规定，县级以上人民政府及其水行政主管部门应当对城镇公共供水管网覆盖范围内的自备井予以关停；利用地表水灌溉有保障的区域和退耕还林还湿区域，对农业灌溉井实施封填；农业休耕区域，对农业灌溉井实施封存；深层地下水漏斗区，对取用深层地下水的农业灌溉井依照计划予以关停。南京纯水设备

除关停自备井外，条例还规定开采地下水应当分层取水、高效利用，禁止越层混合开采。地下水开发利用应当以浅层地下水为主。深层地下水作为饮用水源、战略贮藏或者应急水源，应当严格限制开采。

条例还增加了省政府水行政主管部门对高耗水产业、取水许可总量已达控制指标增加取水量等情形，不予批准取用地下水的规定。增加的情形包括：地下水禁止开采区取用地下水的取水许可总量已经达到取用水总量控制指标的地区增加取水量的取水可能对水功能区水域使用功能或者对社会公共利益发生重大损害的水资源紧缺、生态脆弱等地区开荒垦殖扩大种植面积的南京纯水设备

违反本条例规定，越层混合开采地下水的由县级以上人民政府水行政主管部门责令停止违法行为，限期采取弥补措施，并处以5万元以上10万元以下罚款。

违反本条例规定，将不符合农用规范和环境维护规范的固体废物、废水施入农田或者排入沟渠的由县级以上人民政府环境维护主管部门责令停止违法行为，限期采取弥补措施，并处5万元以上10万元以下罚款。

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